Пара вопросов по команде из сабжа:
1. Как из REPL сохранить вывод этой команды (результаты поиска) в текстовый файл? 
Можно, конечно, запустить отдельную сессию с этой командой, перенаправив стандартный вывод в файл, но это не очень удобно.
2. Можно ли получить результаты поиска в структурированном виде (список команд), а не в виде текстовой простыни?

Смотря для чего это нужно, что за задача ставится? Если нужна информация для представления в браузере или т.п., то стоит посмотреть на функции из find-namespaces & ns-utils в clojure.contrib